Rafael Benítez Maudes sinh ngày ra trong một gia đình thuộc tầng lớp trung lưu ở Madrid. Bố ông, Francisco Benítez, là một chủ khách sạn. Mẹ ông là Rosario Maudes. Bà Rosario là một cổ động viên cuồng nhiệt của Real Madrid trong khi bố ông lại ủng hộ Atletico Madrid. Ông Francisco mất tháng 12 năm 2005 khi Benítez đang ở Nhật Bản để tham dự Giải vô địch bóng đá thế giới các câu lạc bộ. Ông là con thứ 2 trong 3 anh em. Anh trai ông, Francisco, sinh năm 1959 và em gái ông, Rosario, sinh vài năm sau đó. Cả ba người đều học ngành thú y và sau đó Rosario trở thành bác sĩ thú y. Năm 1998 Benítez cưới vợ ông, Maria de Montserrat, một tiến sĩ Luật, sinh ở Ourense. Họ có hai con gái, Claudia sinh ở Madrid năm 1999 và Ágata sinh ở Valencia năm 2002.